广义的水体自净指的是受污染的水体自身由于物理、化学、生物等方面的作用，使污染物浓度和毒性逐渐下降，经一段时间后恢复到受污染前的状态。狭义的水体自净作用指的是水体中微生物氧化分解有机污染物而使水质净化的作用。
      水体自净可以发生在水中，如污染物在水中的稀释、扩散和水中生物化学分解等；可以发生在水与大气界面，如酚的挥发；也可以发生在水与水底间的界面，如水中污染物的沉淀、底泥吸附和底质中污染物的分解等。
      水体自净大致分为三类，即物理净化、化学净化和生物净化。
      (1)物理净化指污染物质由于稀释、扩散、混合和沉淀等过程而降低浓度。污水进入水体后，可沉性固体在水流较弱的地方逐渐沉人水底，形成污泥。悬浮体、胶体和溶解性污染物因混合、稀释，浓度逐渐降低。
      (2)化学净化指污染物质由于氧化还原、酸碱反应、分解化合和吸附凝聚等化学或物理化学作用而降低浓度。如水中铁、锰等重金属离子氧化生成难溶物质，析出沉降；某些元素在一定酸性环境中，形成易溶性化合物，随水漂移而稀释；在中性或碱性条件下，某些元素形成难溶化合物而沉降。天然水中的胶体和悬浮物质微粒，吸附和凝聚水中污物，随水流移动或逐渐沉降。
      (3)生物净化 又称生物化学净化，是指生物活动尤其是微生物对有机物的氧化分解使污染物质浓度降低。工业有机废水和生活污水排入水域后，即产生分解转化，并消耗水中溶解氧。水中一部分有机物被微生物分解，用于自身的繁殖，转化为微生物机体；另一部分转化为无机物。微生物又成为原生动物的食料。这样，有机物逐渐转化为无机物和高等生物，水便得到净化。